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 La causa exacta de la dislexia aun no se conoce totalmente. Sin embargo, no hay ninguna duda de que se trata de una alteración en el funcionamiento de unas determinadas áreas del cerebro de base genética. El que se trate de un trastorno de base genética significa que no hay factores externos causantes, sino que el trastorno se encuentra en la información genética del individuo (ADN).
Los problemas en el embarazo o en el parto, los golpes en la cabeza (traumatismos craneales), el método de enseñanza de la lectura, la falta de esfuerzo, los celos, las pautas educativas equivocadas, la televisión o los videojuegos no son la causa de la dislexia.
Las áreas cerebrales alteradas parecen ser el área parieto-temporal, la circunvolución frontal inferior y el área occipito-temporal izquierda. Dicha alteración podría estar causada por las ectopias (conjunto de células y neuronas que no emigraron correctamente en el curso del desarrollo embrionario), que reducirían la actividad de las zonas cerebrales mencionadas y encargadas de realizar actividades relacionadas con la lectura y escritura.
Concretamente, en el área parieto-temporal, la circunvolución temporal superior es la sede de las representaciones fonológicas. La circunvolución frontal inferior izquierda comprende el área de Broca, que interviene cuando se articulan las palabras o cuando se las conserva en la memoria a corto plazo. Por último, la circunvolución fusiforme, situada en el área occipito-temporal izquierda, almacena las representaciones ortográficas. Esta zona se activa cuando el niño percibe las palabras escritas.
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